Для формирования коллекции Музея прикладных экологических проводятся консультации с учеными КарНЦ РАН по различным направлениям: ботаника, зоология, почвоведение, исследования воды и природоохранная деятельность.
Сотрудники Института леса представили материалы, посвященные аномальной древесине, продемонстрировали новые способы представления музейных гербариев, коллекции грибов. Среди материалов будущих коллекций в том числе различные виды древесины, пораженные насекомыми-вредителями леса. В энтомологическую экспозицию также войдут коллекции насекомых, встречающихся в Республике Карелии, среди которых жуки, бабочки, перепончатокрылые и другие. К работе над ботаническими коллекциями подключился Институт Биологии.
В свою очередь зоологи из Института биологии продемонстрировали экспонаты, которые включают черепа крупных и мелких млекопитающих Карелии, а также рога копытных. Кроме того, в фонд музея войдут экспозиционные модули, посвященные почвам Республики Карелия (лаборатория почвоведения Института леса), а также водным ресурсам (Институт водных проблем Севера).
Отдельная зона посвящена антропогенному воздействию на окружающую среду. В ней в интерактивной форме посетители музея смогут познакомиться с современными проблемами экологии и способами их решения.
Все коллекции и экспонаты музея формируются с учетом современных требований к организации музейного пространства. Акцент в работе сделан на повышение интерактивности и наглядное представление экспонатов.
Проект «Музей прикладных экологических исследований» реализуется с использованием средств гранта Президента Российской Федерации на развитие гражданского общества.